このように、取り組みが進展しているワンストップサービスですが、さらに利便性を高めていくためには、いくつかの課題も残っています。（表組み参照）
　また、官民の垣根を越えた協力も不可欠で、こうした民間部門の参画の意欲をどのように高めていくかも、ワンストップサービスの実現にあたっての課題といえます。